Komuna e tanishme e Çairit është formuar me 15 prill 2004, me Ligjin e ri për ndarjen e re territoriale (“Gazeta zyrtare e RM” nr. 55/04), megjithatë si komunë daton prej 15 prill 1976 kur u formua me Ligjin për formimin e komunave në korniza të Qytetit të Shkupit dhe për përcaktimin e territoreve të tyre (“Gazeta zyrtare e RSM” nr. 8/76). Me ndarjen e re territoriale kufijtë e Komunës së Çairit në masë të madhe janë ngushtuar që do të paraqes handikap të madh për zhvillimin e mëtutjeshëm të Komunës. Territori i komunës së Çairit ka qenë i banuar që nga koha e neolitit, këtë e dëshmojnë burimet arkeologjike të gjetura në lagjen e Dizhonit (1999)